行政總裁須提出、帶領及管理所有有關發展西九的措施和計劃，包括負起制定策略性方向、項目推展、營運、財務管理、政策及節目發展，以及政府及持份者關係的整體責任，務求有效地展開工作及達到管理局的目標。此外，行政總裁亦須領導管理局的籌款及贊助活動。
行政總裁辦公室總監負責協助行政總裁處理主要的日常行政工作，協助統籌內部不同團隊的互動合作及作為董事局秘書處負責人以處理董事局事務。
依照國際最佳模式，這個部門的職責是負責從規劃、發展到推行的項目推展工作。訂立推展的目標，而不是規劃和發展的目標，因為著重實踐，而設計和發展必須充分配合，務求在社會經濟效益、景觀和建築方面取得成果。具體而言，項目推展部的主要工作是把西九打造成為吸引本地市民和遊客到訪的目的地，以及文化藝術界及創意工業的理想基地，以創造更佳的文化藝術、休憩、和交流環境。就此而言，項目推展部將會規劃和設計西九的公共空間，使它們成為市民大眾進行公開交流、娛樂、舒展身心等活動的聚會點。
此外，項目推展部將會制定吸引創意工業的策略，以及零售／飲食／娛樂設施的業務策略，並會確保有關設施、廣場、公共空間、交通及其他接駁等方面的用地及建築規格均符合使用者的需求。該部門亦負責管理有關項目推展的一切技術工程及結構工作，以及為規劃及設計西九安排服務合約的採購。
M+博物館及展覽中心部與表演藝術部均會在制定西九文化藝術設施的願景、使命及藝術方向的過程中擔當重任。該兩個部門會就不同的管理文化藝術設施方案以及潛在的文化藝術設施營運機構的市場情況作出評估，並就不同營運模式的可行性、回報及對管理局架構的影響提出分析，藉此制定營運模式。他們會與本地及國際持份者保持聯繫，探討在文化藝術設施未來的營運／節目供應方面的合作機會。因此，該兩個部門的人員必須對規劃及管理博物館及表演藝術場地有深入的認識，並具備相關的專業知識。
董事局認為，管理局作為一個公營機構，較審慎的做法是首先聘請幾位資深專家，待有關西九文化藝術場地管治模式1的研究及市場研究2在年底前完成後，才決定上述兩個部門的實際人手數目。在制訂兩個部門的最終架構之前，M+博物館及展覽中心部與表演藝術部的高層人員會對就市場分析、管治模式研究及其他研究項目所得的資料進行檢討，再敲定有關設施組合、節目宗旨及管理局的管治安排的建議。根據研究所得的資料，以及徵詢文化藝術界持份者的意見後，這兩個部門將決定發展文化藝術設施的整體策略性方向。
內部審計師將會全權負責管理管理局的審計程序。內部審計師的工作重點是定期審核內部監控措施及程序，並就西九在不同發展階段如何更妥善地遵守各種規定提出建議。
傳訊及推廣部會在公眾參與活動中擔當一個積極主動的角色，及對外建立良好的關係。具體而言，該部門須進行市場及顧客調查並分析所得結果；制訂及實行推廣及品牌策略；展開推廣及宣傳運動；舉辦公眾參與活動；積極推動公關及對外溝通；並聯同項目推展及M+博物館及展覽中心部與表演藝術部，於香港不同的地方推展及設計特別的推廣活動及節目，以實踐管理局把西九文化區發展成文化藝術區的承諾。
財務部負責監督西九計劃的發展、營運及管理工作能否在財務上自給自足。在西九規劃階段，財務部會在奠定管理局的基本財務政策、程序及制度，以及監察投資方面擔當主要職責。
財務部亦會在規劃階段肩負資訊科技方面的職能，包括監察負責設計、推行及保養內部數據、軟件及硬件系統的外間服務供應商。
人力資源部負責監督管理局的僱員及支援活動，工作範圍包括人手招聘、培訓、評核、薪酬政策、有關薪酬及僱員福利的行政工作、採購支援物資、以及日常辦公室管理。
法律事務部會為管理局轄下各部門提供法律諮詢服務、草擬及檢討合約內容、就西九計劃發展過程中可能出現的事宜提供法律意見，並確保西九計劃遵守一切法定要求。
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董事局認為上述組織架構與一般公共機構相若、符合董事局所採納的組織設計原則，使管理局在履行核心職能之餘，另設單獨的內部審計、法律及人力資源部門以達致提供內部制衡的目標。董事局亦認為，設計建造階段及營運階段的組織架構須於較後時間仔細研究，以便能夠因應營運、經驗、以及策略、市場及持份者需求的轉變，對組織架構作出調整。
1 管治模式研究旨在就文化藝術設施的最佳管治模式，以及這些設施與管理局董事局及外間機構的關係提出建議，並將參考現有同類型成功及處於領導地位的設施的模式。
2 市場分析研究旨在取得現有及潛在市場的資訊，然後透過市場調查確定在本地、區內及國際層面上，文化藝術設施的現有及潛在觀眾群／服務對象，並以每5年為一單位，對直至2030年的未來20年的觀眾群／服務對象作出預測。