行政总裁须提出、带领及管理所有有关发展西九的措施和计划，包括负起制定策略性方向、项目推展、营运、财务管理、政策及节目发展，以及政府及持份者关系的整体责任，务求有效地展开工作及达到管理局的目标。此外，行政总裁亦须领导管理局的筹款及赞助活动。
行政总裁办公室总监负责协助行政总裁处理主要的日常行政工作，协助统筹内部不同团队的互动合作及作为董事局秘书处负责人以处理董事局事务。
依照国际最佳模式，这个部门的职责是负责从规划、发展到推行的项目推展工作。订立推展的目标，而不是规划和发展的目标，因为着重实践，而设计和发展必须充分配合，务求在社会经济效益、景观和建筑方面取得成果。具体而言，项目推展部的主要工作是把西九打造成为吸引本地市民和遊客到访的目的地，以及文化艺术界及创意工业的理想基地，以创造更佳的文化艺术、休憩、和交流环境。就此而言，项目推展部将会规划和设计西九的公共空间，使它们成为市民大众进行公开交流、娱乐、舒展身心等活动的聚会点。
此外，项目推展部将会制定吸引创意工业的策略，以及零售／饮食／娱乐设施的业务策略，并会确保有关设施、广场、公共空间、交通及其他接驳等方面的用地及建筑规格均符合使用者的需求。该部门亦负责管理有关项目推展的一切技术工程及结构工作，以及为规划及设计西九安排服务合约的采购。
M+博物馆及展览中心部与表演艺术部均会在制定西九文化艺术设施的愿景、使命及艺术方向的过程中担当重任。该两个部门会就不同的管理文化艺术设施方案以及潜在的文化艺术设施营运机构的市场情况作出评估，并就不同营运模式的可行性、回报及对管理局架构的影响提出分析，藉此制定营运模式。他们会与本地及国际持份者保持联系，探讨在文化艺术设施未来的营运／节目供应方面的合作机会。因此，该两个部门的人员必须对规划及管理博物馆及表演艺术场地有深入的认识，并具备相关的专业知识。
董事局认为，管理局作为一个公营机构，较审慎的做法是首先聘请几位资深专家，待有关西九文化艺术场地管治模式1的研究及市场研究2在年底前完成后，才决定上述两个部门的实际人手数目。在制订两个部门的最终架构之前，M+博物馆及展览中心部与表演艺术部的高层人员会对就市场分析、管治模式研究及其他研究项目所得的资料进行检讨，再敲定有关设施组合、节目宗旨及管理局的管治安排的建议。根据研究所得的资料，以及征询文化艺术界持份者的意见后，这两个部门将决定发展文化艺术设施的整体策略性方向。
内部审计师将会全权负责管理管理局的审计程序。内部审计师的工作重点是定期审核内部监控措施及程序，并就西九在不同发展阶段如何更妥善地遵守各种规定提出建议。
传讯及推广部会在公众参与活动中担当一个积极主动的角色，及对外建立良好的关系。具体而言，该部门须进行市场及顾客调查并分析所得结果；制订及实行推广及品牌策略；展开推广及宣传运动；举办公众参与活动；积极推动公关及对外沟通；并联同项目推展及M+博物馆及展览中心部与表演艺术部，于香港不同的地方推展及设计特别的推广活动及节目，以实践管理局把西九文化区发展成文化艺术区的承诺。
财务部负责监督西九计划的发展、营运及管理工作能否在财务上自给自足。在西九规划阶段，财务部会在奠定管理局的基本财务政策、程序及制度，以及监察投资方面担当主要职责。
财务部亦会在规划阶段肩负资讯科技方面的职能，包括监察负责设计、推行及保养内部数据、软件及硬件系统的外间服务供应商。
人力资源部负责监督管理局的僱员及支援活动，工作范围包括人手招聘、培训、评核、薪酬政策、有关薪酬及僱员福利的行政工作、采购支援物资、以及日常办公室管理。
法律事务部会为管理局辖下各部门提供法律谘询服务、草拟及检讨合约内容、就西九计划发展过程中可能出现的事宜提供法律意见，并确保西九计划遵守一切法定要求。
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董事局认为上述组织架构与一般公共机构相若、符合董事局所采纳的组织设计原则，使管理局在履行核心职能之余，另设单独的内部审计、法律及人力资源部门以达致提供内部制衡的目标。董事局亦认为，设计建造阶段及营运阶段的组织架构须于较后时间仔细研究，以便能够因应营运、经验、以及策略、市场及持份者需求的转变，对组织架构作出调整。
1 管治模式研究旨在就文化艺术设施的最佳管治模式，以及这些设施与管理局董事局及外间机构的关系提出建议，并将参考现有同类型成功及处于领导地位的设施的模式。
2 市场分析研究旨在取得现有及潜在市场的资讯，然后透过市场调查确定在本地、区内及国际层面上，文化艺术设施的现有及潜在观众群／服务对象，并以每5年为一单位，对直至2030年的未来20年的观众群／服务对象作出预测。